Ông từng giữ chức vụ Cục trưởng Cục Công nghệ thông tin, Bộ Y tế.[2]

Từ 4/2007 - 4/2013: được Bộ Y tế bổ nhiệm làm Viện trưởng Viện Chiến lược và Chính sách Y tế.[3]

Ông được phong hàm Giáo sư năm 2010.[3]

Ngày 11/4/2013, theo quyết định 508/QĐ-TTg, Thủ tướng Chính phủ đã bổ nhiệm ông Lê Quang Cường giữ chức Thứ trưởng Bộ Y tế kể từ ngày ký 25/3/2013 cho đến khi hết tuổi làm công tác quản lý từ ngày 1/9/2018.[4][5]

05-09-2018, Thứ trưởng Bộ Y tế Lê Quang Cường được kéo dài thời gian công tác sau khi hết tuổi làm công tác quản lý để về giảng dạy, nghiên cứu khoa học tại Trường Đại học Y Hà Nội.